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(19) 대한민국특허청(KR)
(12) 공개특허공보(A)
(11) 공개번호 10-2015-0132474
(43) 공개일자 2015년11월25일
(51) 국제특허분류(Int. Cl.)
C07H 19/073 (2006.01) C07H 19/10 (2006.01)
C07H 19/14 (2006.01) C07H 19/173 (2006.01)
C07H 19/20 (2006.01)
(52) CPC특허분류
C07H 19/073 (2013.01)
C07H 19/10 (2013.01)
(21) 출원번호 10-2015-7029560
(22) 출원일자(국제) 2013년03월15일
심사청구일자 없음
(85) 번역문제출일자 2015년10월14일
(86) 국제출원번호 PCT/EP2013/055466
(87) 국제공개번호 WO 2014/139596
국제공개일자 2014년09월18일
(71) 출원인
일루미나 케임브리지 리미티드
영국 에섹스 니어 새프런 월든, 리틀 체스터폴드
(우: 씨비10 1엑스엘)
(72) 발명자
리우, 샤오하이
영국 에섹스 씨비10 1엑스엘 니어 새프런 월든 리
틀 체스터포드 체스터포드 리서치 파크 일루미나
케임브리지 리미티드 내
우, 샤오린
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틀 체스터포드 체스터포드 리서치 파크 일루미나
케임브리지 리미티드 내
스미스, 제프리, 폴
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틀 체스터포드 체스터포드 리서치 파크 일루미나
케임브리지 리미티드 내
(74) 대리인
특허법인아주양헌
전체 청구항 수 : 총 35 항
(54) 발명의 명칭 변형된 뉴클레오사이드 또는 뉴클레오타이드
(57) 요 약
본 명세서에 기재된 몇몇 실시형태는 신규한 3'-하이드록시 보호기를 가진 변형된 뉴클레오타이드 및 뉴클레오사
이드 분자에 관한 것이다. 상기 3'-하이드록시 보호기는 3'-탄소 원자에 공유 부착된 구조 -O-C(R)2N3를
형성하며, 여기서 R은 청구범위에 정의된 바와 같다. 또한 본 명세서에서는 이러한 변형된 뉴클레오타이드 및 뉴
클레오사이드 분자를 제조하는 방법 및 이러한 변형된 뉴클레오타이드 및 뉴클레오사이드 분자를 이용하는 합성
과정에 의한 서열분석 방법이 제공된다.
대 표 도 - 도1a
공개특허 10-2015-0132474
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(52) CPC특허분류
C07H 19/14 (2013.01)
C07H 19/173 (2013.01)
C07H 19/20 (2013.01)
공개특허 10-2015-0132474
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명 세 서
청구범위
청구항 1
퓨린 또는 피리미딘 염기 및 3'-탄소 원자에 공유 부착된 구조 -O-C(R)2N3를 형성하는 제거 가능한 3'-하이드록
시 보호기를 가진 리보스 또는 데옥시리보스 당 모이어티를 포함하는 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이
드 분자:
상기 구조에 있어서,
R은 수소, -C(R
1
)m(R
2
)n, -C(=O)OR
3
, -C(=O)NR
4
R
5
, -C(R
6
)2O(CH2)pNR
7
R
8
및 -C(R
9
)2O-Ph-C(=O)NR
10
R
11
로 이루어진 군
으로부터 선택되고;
각각의 R
1
및 R
2
는 독립적으로 수소, 선택적으로 치환된 알킬 또는 할로겐으로부터 선택되며;
R
3
은 수소 또는 선택적으로 치환된 알킬로부터 선택되고;
각각의 R
4
및 R
5
는 독립적으로 수소, 선택적으로 치환된 알킬, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테
로아릴 또는 선택적으로 치환된 아르알킬로부터 선택되며;
각각의 R
6
및 R
9
는 수소, 선택적으로 치환된 알킬 또는 할로겐으로부터 선택되고;
각각의 R
7
, R
8
, R
10
및 R
11
은 독립적으로 수소, 선택적으로 치환된 알킬, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치
환된 헤테로아릴 또는 선택적으로 치환된 아르알킬로부터 선택되며;
m은 0 내지 3의 정수이고;
n은 0 내지 3의 정수이되; 단, m n의 합계는 3이며;
p는 0 내지 6의 정수이되; 단,
R
1
및 R
2
는 둘 다 할로겐일 수 없고; 그리고
적어도 하나의 R은 수소가 아니다.
청구항 2
제1항에 있어서, R 중 하나는 수소이고 다른 하나의 R은 -C(R
1
)m(R
2
)n인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오
사이드 분자.
청구항 3
제1항 또는 제2항에 있어서, -C(R
1
)m(R
2
)n은 -CHF2, -CH2F, -CHCl2 또는 -CH2Cl로부터 선택되는, 변형된 뉴클레오
타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 4
제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, -C(R
1
)m(R
2
)n은 -CHF2인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드
분자.
청구항 5
제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, -C(R
1
)m(R
2
)n은 -CH2F인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드
공개특허 10-2015-0132474
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분자.
청구항 6
제1항에 있어서, R 중 하나는 수소이고 다른 하나의 R은 -C(=O)OR
3
인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사
이드 분자.
청구항 7
제6항에 있어서, R
3
은 수소인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 8
제1항에 있어서, R 중 하나는 수소이고 다른 하나의 R은 -C(=O)NR
4
R
5
인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사
이드 분자.
청구항 9
제1항 또는 제8항에 있어서, R
4
와 R
5
는 둘 다 수소인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 10
제1항 또는 제8항에 있어서, R
4
는 수소이고, R
5
는 C1-6 알킬인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드
분자.
청구항 11
제1항 또는 제8항에 있어서, R
4
와 R
5
는 둘 다 C1-6 알킬인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 12
제1항에 있어서, R 중 하나는 수소이고 다른 하나의 R은 -C(R
6
)2O(CH2)pNR
7
R
8
인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴
클레오사이드 분자.
청구항 13
제1항 또는 제12항에 있어서, 두 R
6
은 수소인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 14
제1항, 제12항 및 제13항 중 어느 한 항에 있어서, R
7
과 R
8
은 둘 다 수소인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레
오사이드 분자.
청구항 15
제1항 및 제12항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, p는 0인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드
분자.
청구항 16
제1항 및 제12항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, p는 6인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드
분자.
청구항 17
제1항에 있어서, R 중 하나는 수소이고 다른 하나의 R은 -C(R
9
)2O-Ph-C(=O)NR
10
R
11
인, 변형된 뉴클레오타이드 또
공개특허 10-2015-0132474
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는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 18
제1항 또는 제17항에 있어서, 두 R
9
는 수소인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 19
제1항, 제17항 및 제18항 중 어느 한 항에 있어서, R
10
과 R
11
은 둘 다 수소인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클
레오사이드 분자.
청구항 20
제1항, 제17항 및 제18항 중 어느 한 항에 있어서, R
10
은 수소이고, R
11
은 아미노 치환된 알킬인, 변형된 뉴클레
오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 21
제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-하이드록시 보호기는 탈보호 반응에서 포스핀에 의해 제거
되는, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 22
제21항에 있어서, 상기 포스핀은 트리스(하이드록시메틸)포스핀(THP)인, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오
사이드 분자.
청구항 23
제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 염기는 절단성 링커 또는 비-절단성 링커를 통해서 검출 가능
한 표지에 연결되는, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 24
제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-하이드록시 보호기는 절단성 링커 또는 비-절단성 링커를
통해서 검출 가능한 표지에 연결되는, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 25
제23항 또는 제24항에 있어서, 상기 링커는 절단 가능한, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 26
제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 가능한 표지는 형광단인, 변형된 뉴클레오타이드 또는
뉴클레오사이드 분자.
청구항 27
제23항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 링커는 산 불안정성, 광불안정성이거나 또는 다이설파이드
연쇄를 함유하는, 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자.
청구항 28
서열분석 반응에서 표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드에 대해서 상보적인 성장하는 폴리뉴클레오타이드
(growing polynucleotide)를 제조하는 방법으로서, 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항의 변형된 뉴클레오타이드
분자를 상기 상보적인 성장하는 폴리뉴클레오타이드에 혼입시키는 단계를 포함하되, 상기 변형된 뉴클레오타이
드의 혼입은 상기 상보적인 성장하는 폴리뉴클레오타이드에 임의의 후속 뉴클레오타이드의 도입을 방지하는, 성
장하는 폴리뉴클레오타이드를 제조하는 방법.
청구항 29
공개특허 10-2015-0132474
- 5 -
제28항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오타이드 분자의 혼입은 말단 전이효소, 말단 중합효소 또는 역전사효소에
의해 달성되는, 성장하는 폴리뉴클레오타이드를 제조하는 방법.
청구항 30
표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드의 서열을 결정하는 방법으로서,
상보적인 뉴클레오타이드들의 순차적인 혼입을 모니터링하는 단계로서, 혼입되는 적어도 하나의 상보적인 뉴클
레오타이드가 제23항 내지 제27항 중 어느 한 항의 변형된 뉴클레오타이드 분자인, 상기 모니터링하는 단계; 및
상기 변형된 뉴클레오타이드 분자의 동일성을 검출하는 단계를 포함하는, 표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드의
서열을 결정하는 방법.
청구항 31
제30항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오타이드의 동일성은 염기에 연결된 검출 가능한 표지를 검출함으로써 결
정되는, 표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드의 서열을 결정하는 방법.
청구항 32
제30항 또는 제31항에 있어서, 상기 3'-하이드록시 보호기와 상기 검출 가능한 표지는 그 다음 상보적인 뉴클레
오타이드를 도입하기 전에 제거되는, 표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드의 서열을 결정하는 방법.
청구항 33
제32항에 있어서, 상기 3'-하이드록시 보호기와 검출 가능한 표지는 화학 반응의 단일 단계에서 제거되는, 표적
단일 가닥 폴리뉴클레오타이드의 서열을 결정하는 방법.
청구항 34
복수개의 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항의 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자와, 해당 분자를
위한 패키징 재료를 포함하는 키트.
청구항 35
제34항에 있어서, 효소 및 상기 효소의 작용에 적합한 완충액을 더 포함하는, 키트.
발명의 설명
기 술 분 야
본 명세서에 기재된 몇몇 실시형태는 3'-하이드록시 보호기를 포함하는 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사[0001]
이드, 및 폴리뉴클레오타이드 서열분석 방법에서의 그들의 용도에 관한 것이다. 본 명세서에 기재된 몇몇 실시
형태는 3'-하이드록시 보호된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드를 제조하는 방법에 관한 것이다.
배 경 기 술
분자의 연구에서의 진전은, 부분적으로는, 분자 또는 그들의 생물학적 반응을 특성 규명하는데 이용되는 기술에[0002]
서의 개선에 의해 초래되었다. 특히, 핵산 DNA 및 RNA의 연구는 서열 분석 및 혼성화 이벤트의 연구를 위하여
이용되는 기술의 개발로부터 이익을 얻었다.
핵산의 연구를 개선시킨 기술의 일례는 고정된 핵산의 제작된 어레이(array)들의 개발이다. 이들 어레이는 전형[0003]
적으로 고체 지지 재료 상에 고정된 폴리뉴클레오타이드의 고밀도 매트릭스로 구성된다. 이에 대해서는,
예컨대, 문헌[Fodor et al., Trends Biotech. 12: 19-26, 1994]을 참조하면 되며, 이 문헌은 적절하게 변형된
뉴클레오타이드 포스포라미다이트의 부착을 허용하도록 규정된 영역에 노출되지만 마스크에 의해 보호된 화학적
으로 민감화된 유리 표면을 이용해서 핵산을 조립하는 방식을 기술하고 있다. 제작된 어레이는 또는 소정의 위
치에서 고체 지지체 상에 "스포팅"(spotting) 공지된 폴리뉴클레오타이드의 수법에 의해 제작될 수
있다(예컨대, 문헌[Stimpson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 6379-6383, 1995]).
어레이에 결합된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 결정하는 하나의 방식은 "합성에 의한 서열분석"(sequencing by[0004]
공개특허 10-2015-0132474
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synthesis) 또는 "SBS"라 불린다. DNA의 서열을 결정하는 이 수법은 이상적으로는 서열분석 중인 핵산 반대쪽에
올바른 상보적인 뉴클레오타이드의 제어된(즉, 한번에 하나) 혼입을 요구한다. 이것은 각 뉴클레오타이드 잔기
가 한번에 하나씩 서열분석되므로 다수 사이클에서 뉴클레오타이드를 부가함으로써 정확한 서열분석을
허용하며, 이에 따라서 제어되지 않은 일련의 혼입이 일어나는 것을 방지한다. 혼입된 뉴클레오타이드는 표지
모이어티의 제거 및 그 후속 회의 서열분석 전에 이에 부착된 적절한 표지를 이용해서 판독된다.
단지 단일의 혼입이 일어나는 것을 확보하기 위하여, 구조적 수식("보호기")이 단지 하나의 뉴클레오타이드가[0005]
혼입되는 것을 확보하기 위하여 성장하는 사슬에 부가되는 각 표지된 뉴클레오타이드에 부가된다. 보호기를 가
진 뉴클레오타이드가 부가된 후, 해당 보호기는 그 후 서열분석 중인 DNA의 완전성(integrity)을 간섭하지 않는
반응 조건 하에서 제거된다. 서열분석 사이클은 이어서 그 다음 보호된 표지된 뉴클레오타이드의 혼입을 계속할
수 있다.
DNA 서열분석에서 유용하기 위하여, 뉴클레오타이드, 및 더욱 통상적으로 뉴클레오타이드 트라이포스페이트는,[0006]
일반적으로 일단 뉴클레오타이드 상의 염기가 첨가되면 폴리뉴클레오타이드 사슬 내로의 혼입에 이용되는 중합
효소가 복제를 계속하는 것을 방지하기 위하여 3'-하이드록시 보호기를 필요로 한다. 뉴클레오타이드 상에 첨가
될 수 있고 여전히 적합한 기의 유형에 대해 많은 제한이 있다. 보호기는 폴리뉴클레오타이드 사슬에 대한 손상
을 일으키는 일 없이 당 모이어티로부터 동시에 용이하게 제거 가능한 한편 추가의 뉴클레오타이드 분자가 폴리
뉴클레오타이드 사슬에 부가되는 것을 방지해야 한다. 또한, 변형된 뉴클레오타이드는 폴리뉴클레오타이드 사슬
내로의 혼입에 이용되는 중합효소 또는 기타 적절한 효소에 의해 맞춤화되어야 할 필요가 있다. 따라서 이상적
인 보호기는 장기 안정성을 발휘하고, 중합효소에 의해 효과적으로 혼입되며, 2차적인 혹은 추가의 뉴클레오타
이드 혼입의 차단을 유발하고, 폴리뉴클레오타이드 구조에 대한 손상을 일으키지 않는 온화한 조건 하에서, 바
람직하게는 수성 조건 하에서 제거되는 능력을 가진다.
가역적 보호기는 앞서 기술된 바 있다. 예를 들어, Metzker 등(Nucleic Acids Research, 22 (20): 4259-4267,[0007]
1994)은 8개의 3'-변형된 2-데옥시리보뉴클레오사이드 5'-트라이포스페이트(3'-변형된 dNTP)의 합성과 이용, 그
리고 혼입 활성을 위한 2개의 DNA 주형 검정에서의 시험을 개시하고 있다. 제WO 2002/029003호는 중합효소 반응
에서 DNA의 성장하는 가닥 상에 3'-OH기를 캐핑하기 위하여 알릴 보호기의 사용을 포함할 수 있는 서열분석 방
법을 기술하고 있다.
또한, 본 발명자들은 국제 출원 공개 제WO 2004/018497호(그의 전문이 참고로 본 명세서에 편입됨)에서 많은 가[0008]
역적 보호기의 개발 및 DAN 양립 가능한 조건 하에서 이들을 보호하는 방법을 이미 보고하였다.
발명의 내용
본 명세서에 기재된 몇몇 실시형태는 퓨린 또는 피리미딘 염기 및 3'-탄소 원자에 공유 부착된 구조 -O-[0009]
C(R)2N3를 형성하는 제거 가능한 3'-하이드록시 보호기를 가진 리보스 또는 데옥시리보스 당 모이어티를 포함하
는 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 분자에 관한 것으로, 상기 구조에 있어서,
R은 수소, -C(R
1
)m(R
2
)n, -C(=O)OR
3
, -C(=O)NR
4
R
5
, -C(R
6
)2O(CH2)pNR
7
R
8
및 -C(R
9
)2O-Ph-C(=O)NR
10
R
11
로 이루어진 군[0010]
으로부터 선택되고;
각각의 R
1
및 R
2
는 독립적으로 수소, 선택적으로 치환된 알킬 또는 할로겐으로부터 선택되며;[0011]
R
3
은 수소 또는 선택적으로 치환된 알킬로부터 선택되고;[0012]
각각의 R
4
및 R
5
는 독립적으로 수소, 선택적으로 치환된 알킬, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테[0013]
로아릴 또는 선택적으로 치환된 아르알킬로부터 선택되며;
각각의 R
6
및 R
9
는 수소, 선택적으로 치환된 알킬 또는 할로겐으로부터 선택되고;[0014]
각각의 R
7
, R
8
, R
10
및 R
11
은 독립적으로 수소, 선택적으로 치환된 알킬, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치[0015]
환된 헤테로아릴 또는 선택적으로 치환된 아르알킬로부터 선택되며;
m은 0 내지 3의 정수이고;[0016]
n은 0 내지 3의 정수이되; 단, m n의 합계는 3이며;[0017]
공개특허 10-2015-0132474
- 7 -
p는 0 내지 6의 정수이되; 단,[0018]
R
1
및 R
2
는 둘 다 할로겐일 수 없고; 그리고[0019]
적어도 하나의 R은 수소가 아니다.[0020]
본 명세서에 기재된 몇몇 실시형태는 서열분석 반응에서 표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드에 대해서 상보적인[0021]
성장하는 폴리뉴클레오타이드(growing polynucleotide)를 제조하는 방법에 관한 것으로, 해당 방법은 본 명세서
에 기재된 변형된 뉴클레오타이드 분자를 성장하는 상보적인 폴리뉴클레오타이드에 혼입시키는 단계를
포함하되, 변형된 뉴클레오타이드의 혼입은 성장하는 상보적인 폴리뉴클레오타이드에 임의의 후속 뉴클레오타이
드의 도입을 방지한다.
본 명세서에 기재된 몇몇 실시형태는 표적 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드의 서열을 결정하는 방법에 관한 것으[0022]
로, 해당 방법은 상보적인 뉴클레오타이드들의 순차적인 혼입을 모니터링하는 단계(여기서 혼입되는 적어도 하
나의 상보적인 뉴클레오타이드는 본 명세서에 기재된 변형된 뉴클레오타이드 분자임); 및 변형된 뉴클레오타이
드 분자의 동일성을 검출하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변형된 뉴클레오타이드 분자의 혼입은
말단 전이효소, 말단 중합효소 또는 역전사효소에 의해 달성된다.
본 명세서에 기재된 몇몇 실시형태는 복수개의 본 명세서에 기재된 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드[0023]
분자와, 이를 위한 패키징 재료를 포함하는 키트에 관한 것이다. 몇몇 실시형태에 있어서, 변형된 뉴클레오타이
드의 동일성은 염기에 연결된 검출 가능한 표지를 검출함으로써 결정된다. 몇몇 이러한 실시형태에 있어서, 3'-
하이드록시 보호기와 검출 가능한 표지는 그 다음 상보적인 뉴클레오타이드를 도입하기 전에 제거된다. 몇몇 이
러한 실시형태에 있어서, 3'-하이드록시 보호기와 검출 가능한 표지는 화학 반응의 단일 단계에서 제거된다.
도면의 간단한 설명
도 1a는 각종 3'-OH 보호기를 나타낸 도면;[0024]
도 1b는 다양한 3'-OH 보호기의 열 안정성을 나타낸 도면.
도 2A는 3개의 다른 3'-OH 보호기의 탈보호율 곡선을 나타낸 도면.
도 2B는 3개의 다른 3'-OH 보호기의 탈보호 반감 시간의 차트.
도 3은 표준 보호기와 비교하여 열적으로 안정한 3'-OH 보호기를 가진 다양한 변형된 뉴클레오타이드의 페이징
(phasing)값 및 프레페이징(prephasing)값을 나타낸 도면.
도 4A는 혼입 믹스(incorporation mix: IMX)에서 모노-F ffNs-A-이성질체의 2×400bp 서열분석 데이터를 나타
낸 도면.
도 4B는 혼입 믹스(IMX)에서 모노-F ffNs-B-이성질체의 2×400bp 서열분석 데이터를 나타낸 도면.
발명을 실시하기 위한 구체적인 내용
일 실시형태는 3'-OH 보호기를 포함하는 변형된 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드이다. 일 실시형태에 있어[0025]
서, 3'-OH 보호기는 모노플루오로메틸 치환된 아지도메틸 보호기이다. 다른 실시형태에 있어서, 3'-OH 보호기는
C-아미도 치환된 아지도메틸 보호기이다. 또 다른 실시형태는 다이플루오로메틸 치환된 아지도메틸 3'-OH 보호
기를 가진 변형된 뉴클레오타이드에 관한 것이다.
정의[0026]
달리 규정되지 않는 한, 본 명세서에서 이용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 당업자가 통상적으로 이해하고[0027]
있는 것과 동일한 의미를 지닌다. 용어 "포함하는(inluding)"뿐만 아니라 "포함하다(include)", "포함하다
(includes)" 및 "포함된(included)" 등과 같은 기타 형태의 이용은 제한적이지 않다. 용어 "가지는(having)"뿐
만 아니라, "가지다(have)", "가진(has)" 및 "가졌다(had)" 등과 같은 기타 형태의 이용은 제한적이지 않다. 본
명세서에서 이용되는 바와 같이, 과도적 어구에서든 또는 청구범위의 내용에서든, 용어 "포함하다
(comprise(s))" 및 "포함하는(comprising)"은 제약을 두지 않는 의미를 가지는 것으로 해석되어야 한다. 즉, 상
기 용어는 어구 "적어도 가지는" 또는 "적어도 포함하는"과 동의어로 해석되어야 한다. 예를 들어, 방법의 맥락
에서 이용될 경우, 용어 "포함하는"은 그 방법이 적어도 언급된 단계들을 포함하지만, 추가의 단계들을 포함할
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수도 있는 것을 의미한다. 화합물, 조성물 또는 장치의 맥락에서 이용될 경우, 용어 "포함하는"은, 그 화합물,
조성물 또는 장치가 적어도 언급된 특성부들 또는 요소들을 포함하지만, 추가의 특성부들 또는 요소들을 포함할
수도 있는 것을 의미한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 통상의 유기 화학 약어는 다음과 같이 정의된다:[0028]
Ac 아세틸[0029]
Ac2O 무수 아세트산[0030]
aq. 수성[0031]
Bn 벤질 [0032]
Bz 벤조일[0033]
BOC 또는 Boc tert-뷰톡시카보닐[0034]
Bu n-뷰틸[0035]
cat. 촉매[0036]
Cbz 카보벤질옥시[0037]
℃ 섭씨온도[0038]
dATP 데옥시아데노신 트라이포스페이트[0039]
dCTP 데옥시시티딘 트라이포스페이트[0040]
dGTP 데옥시구아노신 트라이포스페이트[0041]
dTTP 데옥시티미딘 트라이포스페이트[0042]
ddNTP(s) 다이데옥시뉴클레오타이드(들)[0043]
DBU 1,8-다이아자바이사이클로[5.4.0]운데크-7-엔[0044]
DCA 다이클로로아세트산[0045]
DCE 1,2-다이클로로에탄[0046]
DCM 염화메틸렌[0047]
DIEA 다이아이소프로필에틸아민[0048]
DMA 다이메틸아세트아마이드[0049]
DME 다이메톡시에탄[0050]
DMF N,N'-다이메틸폼아마이드[0051]
DMSO 다이메틸설폭사이드[0052]
DPPA 다이페닐포스포릴 아자이드[0053]
Et 에틸[0054]
EtOAc 아세트산에틸[0055]
ffN 완전 작용성 뉴클레오타이드 [0056]
g 그램(들)[0057]
GPC 겔 침투 크로마토그래피[0058]
h 또는 hr 시간(들)[0059]
iPr 아이소프로필[0060]
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KPi pH 7.0에서의 10mM 인산칼륨 완충액[0061]
KPS 과황산칼륨[0062]
IPA 아이소프로필 알코올[0063]
IMX 혼입 믹스[0064]
LCMS 액체 크로마토그래피-질량 분광법[0065]
LDA 리튬 다이아이소프로필아마이드[0066]
m 또는 min 분(들)[0067]
mCPBA 메타-클로로페옥시벤조산[0068]
MeOH 메탄올[0069]
MeCN 아세트나이트릴[0070]
모노-F -CH2F[0071]
모노-F ffN 아지도메틸 3'-OH 보호기의 메틸렌 위치 상에 치환된 -CH2F를 지닌 변형된 뉴클레오타이드[0072]
㎖ 밀리리터(들)[0073]
MTBE 메틸 3차-뷰틸 에터[0074]
NaN3아자이드화나트륨[0075]
NHS N-하이드록시숙신이미드[0076]
PG 보호기[0077]
Ph 페닐[0078]
ppt 석출물[0079]
rt 실온[0080]
SBS 합성에 의한 서열분석[0081]
TEA 트라이에틸아민[0082]
TEMPO (2,2,6,6-테트라메틸피페리딘-1-일)옥실[0083]
TCDI 1,1'-티오카보닐 다이이미다졸[0084]
Tert, t 3차(또는 3급)[0085]
TFA 트라이플루오로아세트산[0086]
THF 테트라하이드로퓨란[0087]
TEMED 테트라메틸에틸렌다이아민[0088]
㎕ 마이크로리터(들)[0089]
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 용어 "어레이"는 상이한 프로브 분자가 상대적인 위치에 따라서 서로 구별[0090]
될 수 있도록 하나 이상의 기재에 부착된 상이한 프로브 분자의 집단을 지칭한다. 어레이는 기재(substrate) 상
의 상이한 접근 가능한 위치에서 각각 위치된 상이한 프로브 분자를 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 부가적으
로, 어레이는 상이한 프로브 분자를 각각 보유하는 별개의 기재를 포함할 수 있고, 여기서 상이한 프로브 분자
는 액체 중 기재의 위치에 따라서 또는 기재가 부착된 기재 상의 기재의 위치에 따라서 식별될 수 있다. 별개의
기재가 표면 상에 위치된 예시적인 어레이는, 제한 없이, 예를 들어, 미국 특허 제6,355,431 B1호, 제US
2002/0102578호 및 PCT 공개 제WO 00/63437호에 기재된 웰 내 비드를 포함하는 것들을 포함한다. 예를 들어,
FACS(fluorescent activated cell sorter) 등과 같이, 미세유체 장치를 이용해서 액체 어레이 내 비드를 구별
하기 위하여 본 발명에서 이용될 수 있는 예시적인 형태는, 예를 들어, 미국 특허 제6,524,793호에 기재되어 있
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다. 본 발명에서 이용될 수 있는 어레이의 추가의 예는, 제한 없이, 미국 특허 제5,429,807호; 제5,436,327호;
제5,561,071호; 제5,583,211호; 제5,658,734호; 제5,837,858호; 제5,874,219호; 제5,919,523호;
제6,136,269호; 제6,287,768호; 제6,287,776호; 제6,288,220호; 제6,297,006호; 제6,291,193호;
제6,346,413호; 제6,416,949호; 제6,482,591호; 제6,514,751호 및 제6,610,482호; 및 제WO 93/17126호; 제WO
95/11995호; 제WO 95/35505호; 제EP 742 287호; 및 제EP 799 897호에 기재된 것들을 포함한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 용어 "공유 부착된" 또는 "공유 결합된"이란 원자들 간의 전자 쌍의 공유를[0091]
특징으로 하는 화학적 결합의 형성을 지칭한다. 예를 들어, 공유 부착된 중합체 코팅은, 기타 수단, 예를 들어,
접착 또는 정전기 상호작용을 통해서 표면에 부착된 것에 비해서, 기재의 작용화된 표면을 이용해서 화학 결합
을 형성하는 중합체 코팅을 지칭한다. 표면에 공유 부착된 중합체가 공유 부착에 부가해서 수단을 통해서 또한
결합될 수 있는 것을 알 수 있을 것이다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, 임의의 "R"기(들), 예컨대, 제한 없이, R
2
, R
3
, R
4
, R
5
, R
6
, R
7
및 R
8
은 표시[0092]
된 원자에 부착될 수 있는 치환기를 나타낸다. R기는 치환되거나 비치환될 수 있다. 2개의 "R"기가 "함께 합해
지는" 것으로 기재된다면, R기들과 이들에 부착되는 원자들은, 사이클로알킬, 아릴, 헤테로아릴 또는 헤테로사
이클을 형성할 수 있다. 예를 들어, 제한 없이, R
2
와 R
3
, 또는 R
2
, R
3
또는 R
4
및 이것이 부착되는 원자가 "함께
합해지거나" 또는 "함께 접합되는" 것으로 표시된다면, 이것은 이들이 서로 공유 결합되어 고리를 형성하는 것
을 의미하며, 해당 고리의 예는 이하에 나타낸다:
[0093]
하나의 기가 "선택적으로 치환된"으로 기재될 때는 언제든지, 그 기는 비치환되거나 또는 표시된 치환기의 하나[0094]
이상과 치환될 수 있다. 마찬가지로, 하나의 기가 "비치환 또는 치환된" 것으로 기재된 경우, 치환된다면, 치환
기는 하나 이상의 표시된 치환기로부터 선택될 수 있다. 치환기가 표시되지 않는다면, 그것은 "선택적으로 치환
된" 또는 "치환된" 기가, 예컨대, 알킬, 알켄일, 알킨일, 사이클로알킬, 사이클로알켄일, 사이클로알킨일,
아릴, 헤테로아릴, 헤테로알리사이클릴, 아르알킬, 헤테로아르알킬, (헤테로알리사이클릴)알킬, 하이드록시, 보
호된 하이드록실, 알콕시, 아릴옥시, 아실, 머캅토, 알킬티오, 아릴티오, 사이아노, 할로겐, 티오카보닐, O-카
바밀, N-카바밀, O-티오카바밀, N-티오카바밀, C-아미도, N-아미도, S-설폰아미도, N-설폰아미도, C-카복시, 보
호된 C-카복시, O-카복시, 아이소사이아나토, 티오사이아나토, 아이소티오사이아나토, 나이트로, 실릴, 설페닐,
실피닐, 설포닐, 할로알킬, 할로알콕시, 트라이할로메탄설포닐, 트라이할로메탄설폰아미도, 아미노, 모노-치환
된 아미노기, 다이-치환된 아미노기 및 그들의 보호된 유도체를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아닌 작용기
의 군으로부터 개별적으로 그리고 독립적으로 선택된 하나 이상의 기로 개별적으로 그리고 독립적으로 치환될
수 있는 것을 의미한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "알킬"이란 완전 포화된(이중 혹은 삼중 결합이 없는) 탄화수소기를 포함하[0095]
는 직쇄 또는 분지쇄 탄화수소 사슬을 지칭한다. 몇몇 실시형태에 있어서, 알킬기는 1 내지 20개의 탄소 원자를
가질 수 있다(이것이 본 명세서에 출현할 때는 언제든지, "1 내지 20" 등과 같은 수치 범위는 종점을 포함하는
주어진 범위 내의 각 정수를 지칭하며; 예컨대, "1 내지 20개의 탄소 원자"는 알킬기가 1개의 탄소 원자, 2개의
탄소 원자, 3개의 탄소 원자, 등등, 20개까지를 포함하는 탄소 원자로 이루어질 수 있는 것을 의미하지만, 본
정의는 수치 범위가 지정되지 않은 용어 "알킬"의 경우도 커버한다). 알킬기는 약 7 내지 약 10개의 탄소 원자
를 가진 중간 크기의 알킬일 수도 있다. 알킬기는 또한 1 내지 6개의 탄소 원자를 가진 저급 알킬일 수도 있다.
화합물의 알킬기는 "C1-C4 알킬" 또는 유사한 표시로서 지칭될 수 있다. 단지 예로서, "C1-C4 알킬"은 알킬 사슬
내에 1 내지 4개의 탄소 원자가 있는 것을 나타내며, 즉, 알킬 사슬은 메틸, 에틸, 프로필, 아이소-프로필, n-
뷰틸, 아이소-뷰틸, sec-뷰틸 및 t-뷰틸로부터 선택된다. 전형적인 알킬기는, 메틸, 에틸, 프로필, 아이소프로
필, 뷰틸, 아이소뷰틸, 3차 뷰틸, 펜틸 및 헥실로부터 선택된다. 알킬기는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "알켄일"은 직쇄 또는 분지쇄 탄화수소 사슬에 하나 이상의 이중 결합을 포[0096]
함하는 알킬기를 지칭한다. 알켄일기는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "알킨일"은 직쇄 또는 분지쇄 탄화수소 사슬에 하나 이상의 삼중 결합을 포[0097]
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함하는 알킬기를 지칭한다. 알킨일기는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "사이클로알킬"이란 완전히 포화된(이중 혹은 삼중 결합이 없는) 단환식 또[0098]
는 다환식 탄화수소 고리계를 지칭한다. 2개 이상의 고리로 구성된 경우, 그 고리들은 융합된(즉, 축합된) 형태
로 함께 접합될 수 있다. 사이클로알킬기는 고리(들) 내에 3 내지 10개의 원자를 함유할 수 있다. 몇몇 실시형
태에 있어서, 사이클로알킬기는 고리(들) 내에 3 내지 8개의 원자를 함유할 수 있다. 사이클로알킬기는 치환되
거나 비치환될 수 있다. 전형적인 사이클로알킬기는, 사이클로프로필, 사이클로뷰틸, 사이클로펜틸, 사이클로헥
실, 사이클로헵틸 및 사이클로옥틸을 포함하지만 이들로 결코 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "아릴"이란 고리들 중 적어도 하나를 통해서 완전히 탈국부화된 파이-전자[0099]
계를 가지는 탄소환식(모두 탄소) 단환식 또는 다환식 방향족 고리계(예컨대, 축합된, 브리지된 또는 스피로 고
리계를 포함함, 여기서 2개의 탄소환식 고리는 화학 결합을 공유하며, 예컨대, 하나 이상의 아릴 고리는 하나
이상의 아릴 또는 비아릴 고리를 지님)를 지칭한다. 아릴기 내의 탄소 원자의 수는 변할 수 있다. 예를 들어,
몇몇 실시형태에 있어서, 아릴기는 C6-C14 아릴기, C6-C10 아릴기 또는 C6 아릴기일 수 있다. 아릴기의 예는
벤젠, 나프탈렌 및 아줄렌을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다. 아릴기는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "헤테로사이클릴"은 적어도 하나의 헤테로원자(예컨대, O, N, S)를 포함하[0100]
는 고리계를 지칭한다. 이러한 계는 불포화될 수 있거나, 일부 불포화를 포함할 수 있거나, 또는 일부 방향족
부분을 함유할 수 있거나 또는 모두 방향족일 수 있다. 헤테로사이클릴기는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "헤테로아릴"이란 하나 이상의 헤테로원자, 즉, 질소, 산소 및 황을 포함하[0101]
지만 이들로 제한되는 것은 아닌, 탄소 이외의 원소와, 적어도 하나의 방향족 고리를 함유하는 단환식 또는 다
환식 방향족 고리계(완전 탈국부화된 파이-전자계를 가진 적어도 하나의 고리를 지닌 고리계)를 지칭한다. 헤테
로아릴기의 고리(들) 내의 원자의 수는 다양할 수 있다. 예를 들어, 몇몇 실시형태에 있어서, 헤테로아릴기는
고리(들) 내에 4 내지 14개의 원자, 고리(들) 내에 5 내지 10개의 원자 또는 고리(들) 내에 5 내지 6개의 원자
를 함유할 수 있다. 또한, 용어 "헤테로아릴"은 축합된 고리계를 포함하되, 여기서 2개의 고리, 예컨대, 적어도
1개의 아릴 고리 및 적어도 1개의 헤테로아릴 고리, 또는 적어도 2개의 헤테로아릴 고리는 적어도 하나의 화학
결합을 공유한다. 헤테로아릴 고리의 예는 퓨란, 퓨라잔, 티오펜, 벤조티오펜, 프탈라진, 피롤, 옥사졸, 벤즈옥
사졸, 1,2,3-옥사다이아졸, 1,2,4-옥사다이아졸, 티아졸, 1,2,3-티아다이아졸, 1,2,4-티아다이아졸,
벤조티아졸, 이미다졸, 벤즈이미다졸, 인돌, 인다졸, 피라졸, 벤조피라졸, 아이소옥사졸, 벤조아이소옥사졸, 아
이소티아졸, 트라이아졸, 벤조트라이아졸, 티아다이아졸, 테트라졸, 피리딘, 피리다진, 피리미딘, 피라진,
퓨린, 프테리딘, 퀴놀린, 아이소퀴놀린, 퀴나졸린, 퀴녹살린, 신놀린 및 트라이아진을 포함하지만 이들로 제한
되는 것은 아니다. 헤테로아릴기는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "헤테로알리사이클릭" 또는 "헤테로알리사이클릴"은 3-, 4-, 5-, 6-, 7-,[0102]
8-, 9-, 10-, 18-원까지의 단환식, 이환식 및 삼환식 고리계를 지칭하되, 여기서 탄소 원자는 1 내지 5개의 헤
테로원자와 함께 상기 고리계를 구성한다. 헤테로사이클은 그러나 완전 탈국부화된 파이-전자계가 모든 고리를
통해서 일어나지 않는 방식으로 위치된 하나 이상의 불포화 결합을 선택적으로 함유할 수 있다. 헤테로원자는
독립적으로 산소, 황 및 질소로부터 선택된다. 헤테로사이클은 정의가 옥소계 및 티오계, 예컨대, 락탐, 락톤,
환식 이미드, 환식 티오이미드 및 환식 카바메이트를 포함하도록 하나 이상의 카보닐 또는 티오카보닐 작용기를
더 함유할 수 있다. 2개 이상의 고리로 구성된 경우, 고리는 축합 방식으로 함께 접합될 수 있다. 부가적으로,
헤테로알리사이클릭 내 임의의 질소는 4차화될 수 있다. 헤테로알리사이클릴 또는 헤테로알리사이클릭기는 치환
되거나 비치환될 수 있다. 이러한 "헤테로알리사이클릭" 또는 "헤테로알리사이클릴"기의 예는, 1,3-다이옥신,
1,3-다이옥산, 1,4-다이옥산, 1,2-다이옥솔란, 1,3-다이옥솔란, 1,4-다이옥솔란, 1,3-옥사티안, 1,4-옥사티인,
1,3-옥사티올란, 1,3-다이티올, 1,3-다이티올란, 1,4-옥사티안, 테트라하이드로-1,4-티아진, 2H-1,2-옥사진, 말
레이미드, 숙신이미드, 바비투르산, 티오바비투르산, 다이옥소피페라진, 히단토인, 다이하이드로유라실, 트라이
옥산, 헥사하이드로-1,3,5-트라이아진, 이미다졸린, 이미다졸리딘, 아이소옥사졸린, 아이소옥사졸리딘, 옥사졸
린, 옥사졸리딘, 옥사졸리디논, 티아졸린, 티아졸리딘, 몰폴린, 옥시란, 피페리딘 N-옥사이드, 피페리딘, 피페
라진, 피롤리딘, 피롤리돈, 피롤리디온, 4-피페리돈, 피라졸린, 피라졸리딘, 2-옥소피롤리딘, 테트라하이드로피
란, 4H-피란, 테트라하이드로티오피란, 티아몰폴린, 티아몰폴린 설폭사이드, 티아몰폴린 설폰 및 그들의 벤조-
축합된 유사체(예컨대, 벤즈이미다졸리디논, 테트라하이드로퀴놀린, 3,4-메틸렌다이옥시페닐)를 포함하지만 이
들로 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "아르알킬" 및 "아릴(알킬)"은 저급 알킬렌기를 통해서 치환기로서 연결된[0103]
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아릴기를 지칭한다. 저급 알킬렌 및 아르알킬의 아릴기는 치환되거나 비치환될 수 있다. 그 예는 벤질, 2-페닐
알킬, 3-페닐알킬 및 나프틸알킬을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "헤테로아르알킬" 및 "헤테로아릴(알킬)"은 저급 알킬렌기를 통해서 치환기[0104]
로서 연결된 헤테로아릴기를 지칭한다. 저급 알킬렌 및 헤테로아르알킬의 헤테로아릴기는 치환되거나 비치환될
수 있다. 그 예는 2-티엔일알킬, 3-티엔일알킬, 퓨릴알킬, 티엔일알킬, 피롤릴알킬, 피리딜알킬, 아이소옥사졸
릴알킬 및 이미다졸릴알킬, 및 그들의 벤조-축합된 유사체를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "알콕시"는 식 -OR을 지칭하며, 여기서 R은 위에서 정의된 바와 같은 알킬,[0105]
알켄일, 알킨일, 사이클로알킬, 사이클로알켄일 또는 사이클로알킨일이다. 알콕시의 비제한적인 예는 메톡시,
에톡시, n-프로폭시, 1-메틸에톡시(아이소프로폭시), n-뷰톡시, 아이소-뷰톡시, sec-뷰톡시 및
tert-뷰톡시이다. 알콕시 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "C-아미도"기는 "-C(=O)N(RaRb)"기를 지칭하되, 여기서 Ra 및 Rb는 독립적으[0106]
로 수소, 알킬, 알켄일, 알킨일, 사이클로알킬, 사이클로알켄일, 사이클로알킨일, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로알
리사이클릴, 아르알킬 또는 (헤테로알리사이클릴)알킬일 수 있다. C-아미도는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "N-아미도"기는 "RC(=O)N(Ra)-"기를 지칭하되, 여기서 R 및 Ra는 독립적으로[0107]
수소, 알킬, 알켄일, 알킨일, 사이클로알킬, 사이클로알켄일, 사이클로알킨일, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로알리사
이클릴, 아르알킬 또는 (헤테로알리사이클릴)알킬일 수 있다. N-아미도는 치환되거나 비치환될 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "할로겐 원자", "할로겐" 또는 "할로"는 원소의 주기율표의 제7족의 방[0108]
사능-안정한 원자, 예컨대, 플루오르, 염소, 브로민 및 요오드 중 임의의 하나를 의미한다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "아민"은 -NH2기를 지칭하되, 여기서 하나 이상의 수소는 R기에 의해[0109]
선택적으로 치환될 수 있다. R은 독립적으로 수소, 알킬, 알켄일, 알킨일, 사이클로알킬, 사이클로알켄일, 사이
클로알킨일, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로알리사이클릴, 아르알킬 또는 (헤테로알리사이클릴)알킬일 수 있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "알데하이드"는 -Rc-C(O)H기를 지칭하되, 여기서 Rc는 존재하지 않을 수[0110]
있거나, 또는 독립적으로 알킬렌, 알켄일렌, 알킨일렌, 사이클로알킬렌, 사이클로알켄일렌, 사이클로알킨일렌,
아릴렌, 헤테로아릴렌, 헤테로알리사이클릴렌, 아르알킬렌 또는 (헤테로알리사이클릴)알킬렌으로부터 선택될 수
있다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "아미노"는 -NH2기를 지칭한다.[0111]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "하이드록시"는 -OH기를 지칭한다.[0112]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "사이아노"기는 "-CN"기를 지칭한다.[0113]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "아지도"는 -N3기를 지칭한다.[0114]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "티올"은 -SH기를 지칭한다.[0115]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "카복실산"은 -C(O)OH를 지칭한다.[0116]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "티오사이아네이트"는 -S-C≡N기를 지칭한다.[0117]
본 명세서에서 이용되는 바와 같은 용어 "옥소-아민"은 -O-NH2기를 지칭하되, 여기서 -NH2의 하나 이상의 수소는[0118]
R기에 의해 선택적으로 치환될 수 있다. R은 독립적으로 수소, 알킬, 알켄일, 알킨일, 사이클로알킬, 사이클로
알켄일, 사이클로알킨일, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로알리사이클릴, 아르알킬 또는
(헤테로알리사이클릴)알킬이다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "뉴클레오타이드"는 질소 함유 헤테로사이클릭 염기, 당 및 하나 이상의 포[0119]
스페이트기를 포함한다. 이들은 핵산 서열의 단량체 유닛이다. RNA에서, 당은 리보스이고, DNA에서는 데옥시리
보스, 즉, 리보스에 존재하는 하이드록실기를 결여하는 당이다. 질소 함유 헤테로사이클릭 염기는 퓨린 또는 피
리미딘 염기일 수 있다. 퓨린 염기는 아데닌(A) 및 구아닌(G), 및 그들의 변형된 유도체 또는 유사체를 포함한
다. 피리미딘 염기는 사이토신(C), 티민(T) 및 유라실(U), 및 그들의 변형된 유도체 또는 유사체를 포함한다.
데옥시리보스의 C-1 원자는 피리미딘의 N-1 또는 퓨린의 N-9에 결합된다.
공개특허 10-2015-0132474
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본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "뉴클레오사이드"는 뉴클레오타이드와 구조적으로 유사하지만, 포스페이트[0120]
모이어티를 결여한다. 뉴클레오사이드 유사체의 예는 표지가 염기에 연결되고 당 분자에 부착된 포스페이트기가
없는 것일 것이다. 용어 "뉴클레오사이드"는, 당업자가 알고 있는 그의 통상의 의미로 본 명세서에서 이용된다.
그 예는 리보스 모이어티를 포함하는 리보뉴클레오사이드 및 데옥시리보스 모이어티를 포함하는 데옥시리보뉴클
레오사이드를 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다. 변형된 5탄당 모이어티는, 산소 원자가 탄소로 교체되
고/되거나 탄소가 황 또는 산소 원자로 교체된 5탄단 모이어티이다. "뉴클레오사이드"는 치환된 염기 및/또는
당 모이어티를 가질 수 있는 단량체이다. 또한, 뉴클레오사이드는 보다 큰 DNA 및/또는 RNA 중합체 및 올리고머
내로 혼입될 수 있다.
용어 "퓨린 염기"는 본 명세서에서 당업자가 이해하는 바와 같은 통상의 의미로 이용되며, 그의 호변이성질체를[0121]
포함한다. 마찬가지로, 용어 "피리미딘 염기"는 당업자가 이해하는 바와 같은 그의 통상의 의미로 본 명세서에
서 이용되며 그의 호변이성질체를 포함한다. 선택적으로 치환된 퓨린염기의 비제한적인 예는 퓨린, 아데닌, 구
아닌, 하이포잔틴, 잔틴, 알로잔틴, 7-알킬구아닌(예컨대 7-메틸구아닌), 테오브로민, 카페인, 요산 및 아이소
구아닌을 포함한다. 피리미딘 염기의 예는, 사이토신, 티민, 유라실, 5,6-다이하이드로유라실 및 5-알킬사이토
신(예컨대, 5-메틸사이토신)을 포함하지만 이들로 제한되는 것은 아니다.
본 명세서에서 이용되는 바와 같이, "유도체" 또는 "유사체"는 변형된 염기 모이어티 및/또는 변형된 당 모이어[0122]
티를 가진 합성 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오사이드 유도체를 의미한다. 이러한 유도체 및 유사체는, 예컨대,
문헌[Scheit, Nucleotide Analogs (John Wiley